Bệnh viện Quân dân y thành phố Cần Thơ được khởi công xây dựng vào tháng 8/2015 tại thị trấn Cờ Đỏ, huyện Cờ Đỏ trên diện tích 2,5 ha với tổng kinh phí đầu tư gần 100 tỷ đồng từ ngân sách nhà nước. Bệnh viện có 3 phòng chức năng, 6 khoa chuyên môn, quy mô 60 giường với tổng số 55 y, bác sĩ và nhân viên điều dưỡng có trình độ chuyên môn, nghiệp vụ, đáp ứng tốt nhu cầu khám, điều trị bệnh, chăm sóc sức khỏe cho cán bộ, chiến sĩ, lực lượng vũ trang, nhân dân thành phố Cần Thơ và các tỉnh khu vực Tây Nam bộ.

Ngoài ra, Bệnh viện Quân dân y thành phố Cần Thơ cũng là đơn vị đào tạo, huấn luyện cho lực lượng dự bị động viên ngành y tế, tạo nguồn nhân lực chuyên môn, sẵn sàng huy động cho nhiệm vụ quốc phòng, an ninh trên địa bàn thành phố Cần Thơ.