Chương trình phối hợp giữa Liên minh HTX với Hội Nông dân thành phố được thực hiện với mục tiêu tạo điều kiện cho hội viên nông dân phát triển kinh tế hộ, góp phần hình thành chuỗi giá trị từ sản xuất đến bảo quản, chế biến và tiêu thụ nông sản. Phấn đấu đến năm 2020, có 1.600 tổ hợp tác, có 130 HTX trong nông nghiệp, nông thôn gắn với chuỗi giá trị sản phẩm phát triển bền vững với quy mô lớn và có sức lan tỏa trong hội viên nông dân. Tỷ lệ cán bộ quản lý HTX có trình độ đại học đạt 40% và trình độ trung cấp đạt từ 50- 55%. Thu nhập bình quân của các thành viên, người lao động trong các HTX tăng gấp đôi so với năm 2015. Chương trình phối hợp giữa Liên minh HTX với Hội Liên hiệp Phụ nữ TP Cần Thơ về việc phát huy vai trò phụ nữ trong phát triển kinh tế tập thể giai đoạn 2017 – 2021 sẽ tạo điều kiện cho hội viên phụ nữ tham gia vào tổ hợp tác, HTX. Phấn đấu đến năm 2021 có ít nhất 50% hội viên hội phụ nữ tham gia HTX, tổ hợp tác; có 20 tổ hợp tác và 2 HTX do phụ nữ thành lập, quản lý, điều hành các hoạt động trong sản xuất nông sản và tín dụng nội bộ... Phấn đấu đến năm 2021, thu nhập bình quân của các thành viên, người lao động trong các tổ hợp tác, HTX tăng gấp đôi so với năm 2016.