Theo đó, Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật là tổ chức hành chính, có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng; chịu sự chỉ đạo, quản lý của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo quy định của pháp luật.

Ngoài ra,  Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật chịu sự hướng dẫn, kiểm tra, giám sát về chuyên môn, nghiệp vụ của Cục Trồng trọt và Cục Bảo vệ thực vật trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.