Mục tiêu nhằm đảm bảo cung ứng đầy đủ, kịp thời thuốc cho nhu cầu phòng bệnh, chữa bệnh của nhân dân trong TP Cần Thơ; phù hợp với cơ cấu bệnh tật tương ứng với từng giai đoạn phát triển kinh tế - xã hội; đáp ứng kịp thời yêu cầu an ninh, quốc phòng, thiên tai, dịch bệnh và các nhu cầu khẩn cấp khác. Đảm bảo chất lượng, giá cả hợp lý, sử dụng thuốc hợp lý, an toàn và hiệu quả; đẩy mạnh hoạt động dược lâm sàng và cảnh giác dược. Chú trọng cung ứng thuốc cho đối tượng thuộc diện chính sách xã hội, đồng bào dân tộc thiểu số, người nghèo, vùng sâu, vùng xa.

Đến năm 2020, cung ứng kịp thời 100% thuốc cho nhu cầu phòng bệnh, chữa bệnh; tăng tỷ lệ sử dụng thuốc sản xuất trong nước/tổng số tiền sử dụng thuốc tại các cơ sở y tế; 30% sử dụng vắc xin sản xuất trong nước tại các cơ sở tiêm chủng dịch vụ; 100% cơ sở bán buôn thuốc đạt tiêu chuẩn “Thực hành tốt phân phối thuốc - GDP”; 100% nhà thuốc, quầy thuốc đạt tiêu chuẩn “Thực hành tốt nhà thuốc - GPP”; Trung tâm kiểm nghiệm đạt tiêu chuẩn “Thực hành tốt phòng kiểm nghiệm thuốc - GLP”; 100% bệnh viện có kho thuốc đủ điều kiện bảo quản dựa theo khung chuẩn “Thực hành tốt bảo quản thuốc - GSP”, có phần mềm quản lý dược đến tất cả các khoa lâm sàng; bệnh viện đa khoa thành phố và bệnh viện chuyên khoa có bộ phận chuyên trách công tác Dược lâm sàng, 100% bệnh viện tuyến quận, huyện có hoạt động Dược lâm sàng; các trung tâm y tế và các đơn vị y tế hệ dự phòng có kho đạt quy định về điều kiện bảo quản; xây dựng và phát triển các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh dược liệu và các sản phẩm từ dược liệu…

Đối với định hướng đến năm 2030, các cơ sở y tế trong thành phố ưu tiên sử dụng thuốc sản xuất trong nước phục vụ khám bệnh, chữa bệnh; 100% cơ sở kiểm nghiệm, phân phối, bảo quản thuốc đạt tiêu chuẩn “Thực hành tốt” (GPs); 100% thuốc được sản xuất ra của công ty DHG Pharma thuộc danh mục bắt buộc của Bộ Y tế phải được đánh giá tương đương sinh học; quy hoạch, bảo tồn và mở rộng vùng nuôi trồng dược liệu; thu hút đầu tư xây dựng nhà máy sản xuất thuốc tân dược, chế biến thuốc đông y, thuốc từ dược liệu.