Theo Thông tư, thời gian được hưởng công tác phí là thời gian công tác thực tế theo văn bản phê duyệt của người có thẩm quyền cử đi công tác hoặc giấy mời tham gia đoàn công tác (bao gồm cả ngày nghỉ, lễ, tết theo lịch trình công tác, thời gian đi đường).

Điều kiện để được thanh toán công tác phí bao gồm: Thực hiện đúng nhiệm vụ được giao; được thủ trưởng cơ quan, đơn vị cử đi công tác hoặc được mời tham gia đoàn công tác; có đủ các chứng từ để thanh toán theo quy định tại Thông tư này.

Trong những ngày được cử đi công tác nếu do yêu cầu công việc phải làm thêm giờ thì ngoài chế độ phụ cấp lưu trú còn được thanh toán tiền lương làm đêm, làm thêm giờ đối với cán bộ, công chức, viên chức theo quy định hiện hành.

Thông tư quy định rõ về thanh toán tiền chi phí đi lại. Đối với thanh toán theo hóa đơn thực tế, người đi công tác được thanh toán tiền chi phí đi lại bao gồm: Chi phí chiều đi và về từ nhà hoặc cơ quan đến sân bay, ga tàu, bến xe; vé máy bay, vé tàu, xe vận tải công cộng đến nơi công tác và theo chiều ngược lại; chi phí đi lại tại địa phương nơi đến công tác: Từ chỗ nghỉ đến chỗ làm việc, từ sân bay, ga tàu, bến xe về nơi nghỉ (lượt đi và lượt về)...

Quy định về tiêu chuẩn mua vé máy bay đi công tác trong nước, Thông tư nêu rõ: Đối với các đối tượng Lãnh đạo cấp cao (trên cấp Bộ trưởng) thực hiện theo quy định hiện hành của Nhà nước.

Hạng ghế thương gia (Business class hoặc C class) dành cho đối tượng: Cán bộ lãnh đạo hưởng bảng lương chức vụ lãnh đạo, hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo ban hành kèm theo Nghị quyết số 730/2004/NQ-UBTVQH ngày 30/9/2004 của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội về việc phê chuẩn bảng lương chức vụ, bảng phụ cấp chức vụ đối với cán bộ lãnh đạo của nhà nước; bảng lương chuyên môn, nghiệp vụ ngành Toà án, ngành Kiểm sát, Quyết định số 128-QĐ-TW ngày 14/12/2004 của Ban Bí thư Trung ương Đảng về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức cơ quan Đảng, Mặt trận và các đoàn thể hoặc Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14/12/2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang, gồm: Bộ trưởng và các chức danh tương đương; Thứ trưởng và cán bộ lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,3 trở lên; Phó trưởng các đoàn thể chính trị - xã hội ở Trung ương; Bí thư Thường trực Trung ương Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh.

Hạng ghế thường: Dành cho các đối tượng còn lại.

Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định về thanh toán khoán kinh phí sử dụng ô tô khi đi công tác, khoán tiền tự túc phương tiện đi công tác.

Phụ cấp lưu trú

Theo Thông tư, phụ cấp lưu trú là khoản tiền hỗ trợ thêm cho người đi công tác ngoài tiền lương do cơ quan, đơn vị cử người đi công tác chi trả, được tính từ ngày bắt đầu đi công tác đến khi kết thúc đợt công tác trở về cơ quan, đơn vị (bao gồm thời gian đi trên đường, thời gian lưu trú tại nơi đến công tác).

Mức phụ cấp lưu trú để trả cho người đi công tác: 200.000 đồng/ngày.

Thông tư cũng quy định cụ thể về thanh toán tiền thuê phòng nghỉ tại nơi đến công tác.

Đối với thanh toán theo hình thức khoán: Lãnh đạo cấp Bộ trưởng, Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 trở lên, mức khoán 1.000.000 đồng/ngày/người, không phân biệt nơi đến công tác.

Đối với các đối tượng cán bộ, công chức, viên chức và người lao động còn lại: Đi công tác ở quận, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương và thành phố là đô thị loại I thuộc tỉnh, mức khoán 450.000 đồng/ngày/người; đi công tác tại huyện, thị xã thuộc thành phố trực thuộc trung ương, tại thị xã, thành phố còn lại thuộc tỉnh, mức khoán 350.000 đồng/ngày/người; đi công tác tại các vùng còn lại, mức khoán: 300.000 đồng/ngày/người.

Trong trường hợp người đi công tác không nhận thanh toán theo hình thức khoán này thì được thanh toán theo giá thuê phòng thực tế (có hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật) do thủ trưởng cơ quan, đơn vị duyệt theo tiêu chuẩn thuê phòng như sau: Đối với Lãnh đạo cấp Bộ trưởng và các chức danh tương đương: Được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ: 2.500.000 đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn một người/1 phòng, không phân biệt nơi đến công tác.

Đi công tác tại các quận, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương và thành phố là đô thị loại I thuộc tỉnh: Đối với Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 đến 1,3 được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 1.200.000 đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn một người/1 phòng.

Đối với các đối tượng còn lại: Được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 1.000.000 đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn 2 người/phòng.

Đi công tác tại các vùng còn lại: Đối với Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 đến 1,3 được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 1.100.000 đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn một người/1 phòng.

Đối với các đối tượng còn lại: Được thanh toán mức giá thuê phòng ngủ là 700.000 đồng/ngày/phòng theo tiêu chuẩn 2 người/phòng...

Thông tư 40 có hiệu lực thi hành từ 1/7/2017.