Mục tiêu nhằm chủ động phòng, chống dịch bệnh, phát hiện sớm, kịp thời khống chế không để dịch lớn xảy ra; giảm tỷ lệ mắc, tử vong ở một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm; khống chế tốc độ gia tăng các bệnh không lây nhiễm phổ biến, bệnh tật lứa tuổi học đường bảo đảm sức khỏe cộng đồng.

Bên cạnh đó, nâng cao năng lực quản lý, kiểm soát an toàn thực phẩm; bảo đảm cung cấp máu, an toàn truyền máu và phòng, chống hiệu quả một số bệnh lý huyết học; đồng thời, khống chế và giảm tỷ lệ nhiễm HIV/AIDS trong cộng đồng nhằm giảm tác động của HIV/AIDS đối với sự phát triển kinh tế - xã hội…

Chương trình gồm có các Dự án: Phòng, chống một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm và các bệnh không lây nhiễm phổ biến; Tiêm chủng mở rộng; Dân số và phát triển; An toàn thực phẩm; Phòng, chống HIV/AIDS; Bảo đảm máu an toàn và phòng, chống một số bệnh lý huyết học; Quân dân y kết hợp; Theo dõi, kiểm tra, giám sát, đánh giá thực hiện chương trình và truyền thông y tế.

Thời gian thực hiện: từ năm 2016 đến năm 2020.