Hiện nay, Bệnh viện đang mở rộng hợp tác Quốc tế với 5 tổ chức như: Children Action; Meet - Hoa Kỳ; Orbis; IPSAC, VMA hỗ trợ đào tạo liên tục bước 2 về công tác điều dưỡng cùng các khám sàng lọc cho bệnh nhi và sơ sinh tại bệnh viện và hỗ trợ đào tạo huấn luyện cấp cứu ngoại nhi… Qua kiểm tra đánh giá chất lượng năm 2017, Bệnh viện Nhi đồng TP Cần Thơ đạt mức 4, tổng số các tiêu chí được áp dụng đánh giá là 80/83 tiêu chí, điểm trung bình chung của các tiêu chí đạt 3.71.

Trong năm 2018, Bệnh viện tiếp tục nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh; nêu cao tinh thần, trách nhiệm và đạo đức nghề nghiệp gắn với việc đẩy mạnh học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh, thực hiện đổi mới phong cách và thái độ phục vụ người bệnh; xây dựng kế hoạch đào tạo để đáp ứng yêu cầu thực hiện các dịch vụ kỹ thuật mới; phát triển các trang thiết bị cần thiết đảm bảo công tác chẩn đoán và cấp cứu kịp thời...