Huyện Cờ Đỏ được thành lập vào năm 2004 theo Nghị định số 05 của Chính Phủ trên tinh thần chia tách từ quận Ô Môn. Mặc dù gặp không ít khó khăn thách thức trong giai đoạn đầu, nhưng với quyết tâm của Đảng bộ và nhân dân huyện, tình hình kinh tế, văn hóa, xã hội, quốc phòng - an ninh cũng như công tác xây dựng hệ thống chính trị luôn đạt được  nhiều  kết  quả  đáng ghi nhận. Kinh tế từng bước được cải thiện, thu nhập và đời sống của người dân không ngừng được nâng lên, bộ mặt nông thôn có nhiều khởi sắc.

Năm 2009, huyện Cờ Đỏ tiếp tục được chia tách thành huyện Thới Lai và huyện Cờ Đỏ hiện nay. Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Cờ Đỏ có 10 đơn vị hành chính xã, thị trấn trực thuộc gồm: xã Trung An, Trung Thạnh, Trung Hưng, Thạnh Phú, Thới Hưng, Thới Đông, Thới Xuân, Đông Hiệp, Đông Thắng và thị trấn Cờ Đỏ. Huyện có diện tích tự nhiên trên 31.000ha, dân số hơn 124.000 người, trong đó dân tộc thiểu số chiếm trên 6,8 %.

Xác định nông nghiệp là thế mạnh, Ban Chấp hành Đảng bộ huyện Cờ Đỏ đã tập trung phát triển xây dựng nền nông nghiệp chất lượng cao, bền vững và hiện đại; tích cực vận động người dân chuyển đổi cơ cấu cây trồng vật nuôi, đưa các tiến bộ khoa học kỹ thuật, công nghệ sinh học vào áp dụng trong sản xuất, chăn nuôi để nâng cao hiệu quả kinh tế. Bắt đầu từ vụ lúa Đông Xuân 2011-2012, huyện đã xây dựng mô hình cánh đồng mẫu lớn, với diện tích gần 500ha, thí điểm tại 2 xã Thới Xuân và Thạnh Phú. Đến nay diện tích cánh đồng lớn đã lên đến 32.416ha. Cùng với đó, huyện tập trung xây dựng các vùng chuyên canh cây ăn trái với diện tích hơn 2.836 ha. Từ đó, giá trị sản xuất bình quân trên 1ha năm 2018 đạt trên 176 triệu đồng, tăng gấp 4,5 lần so với năm 2004. Hiện toàn huyện có 140 doanh nghiệp và trên 1.900 cơ sở sản xuất kinh doanh đang hoạt động với  các ngành nghề như xay xát và chế biến lương thực. Năm 2018, giá trị sản xuất công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp trên địa bàn đạt trên 1.842 tỷ đồng, tổng mức bán lẽ hàng hóa và kinh doanh dịch vụ đạt trên 3.504 tỷ đồng. Thu nhập bình quân đầu người đạt 45,8 triệu đồng, tăng gần 4 lần so với năm 2009. Với những thành tựu trên, huyện Cờ Đỏ vinh dự được Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động hạng III.