Mục tiêu Đề án nhằm phát triển nền nông nghiệp hữu cơ có giá trị gia tăng cao, bền vững, thân thiện với môi trường sinh thái, gắn với kinh tế nông nghiệp tuần hoàn phục vụ tiêu dùng trong nước và xuất khẩu. Sản phẩm nông nghiệp hữu cơ được chứng nhận phù hợp với tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ của khu vực và thế giới; đưa Việt Nam trở thành quốc gia có trình độ sản xuất nông nghiệp hữu cơ ngang bằng các nước tiên tiến trên thế giới.

Cụ thể, đến năm 2030, diện tích nhóm đất nông nghiệp sản xuất hữu cơ đạt khoảng 1,5 - 2% tổng diện tích nhóm đất nông nghiệp, năm 2030 đạt khoảng 2,5 - 3%. Diện tích đất trồng trọt hữu cơ đạt khoảng trên 1% tổng diện tích đất trồng trọt và năm 2030 đạt khoảng trên 2% với cây trồng chủ lực như: lúa, rau đậu các loại, cây ăn quả.

Tỷ lệ sản phẩm chăn nuôi hữu cơ đạt khoảng 1 - 2% tính trên tổng sản phẩm chăn nuôi sản xuất trong nước, đến năm 2030 đạt khoảng 2 - 3%. Các sản phẩm chăn nuôi được chứng nhận hữu cơ theo tiềm năng thế mạnh được ưu tiên như sữa, sản phẩm mật ong, thịt gia súc gia cầm...

Diện tích nuôi trồng thủy sản hữu cơ đạt khoảng 0,5 - 1,5% tổng diện tích nuôi trồng thủy sản và đạt khoảng 1,5 - 3% đối với năm 2030, trong đó một số loài thủy đặc sản có giá trị kinh tế như: tôm nước lợ, tôm càng xanh, các loài thủy sản bản địa. Diện tích sản xuất muối dinh dưỡng hữu cơ đạt khoảng 5 - 10% tổng diện tích sản xuất muối dinh dưỡng, năm 2030 đạt khoảng trên 10%. Đối với sản phẩm dược liệu và lâm sản ngoài gỗ tự nhiên, tỷ lệ sản lượng hữu cơ trên tổng sản lượng đạt khoảng 90 - 95% và đạt khoảng 95 - 98% đối với năm 2030; đối với hình thức thâm canh tỷ lệ sản lượng hữu cơ trên tổng sản lượng đạt khoảng 75 - 80% và đến năm 2030 đạt khoảng 80 - 85%...

Nhiệm vụ chủ yếu đặt ra để đạt được các mục tiêu trên là phát triển các vùng sản xuất nông nghiệp hữu cơ tập trung và các sản phẩm hữu cơ chủ lực; phát triển đa dạng các hình thức tổ chức sản xuất sản phẩm hữu cơ; nghiên cứu phát triển và ứng dụng công nghệ trong nông nghiệp hữu cơ; phát triển các tổ chức chứng nhận, hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn và quy trình kỹ thuật; tăng cường chế biến, tiêu thụ và xuất khẩu sản phẩn hữu cơ; phát triển các vật tư đầu vào phục vụ phát triển nông nghiệp hữu cơ.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, địa phương triển khai thực hiện Đề án; chủ động lồng ghép các mục tiêu, nhiệm vụ của Đề án với các chương trình mục tiêu quốc gia và các đề án của các bộ, ngành và địa phương khác có liên quan. Lựa chọn và xác định các yếu tố hoàn thiện mô hình thí điểm sản xuất nông nghiệp hữu cơ tại các địa phương theo danh mục đã phê duyệt; chỉ định các đơn vị có năng lực nghiên cứu, chứng nhận và liên kết chuỗi giá trị tham gia triển khai các mô hình thí điểm, xây dựng kế hoạch triển khai và từng bước nhân rộng mô hình. Tổ chức kiểm tra, giám sát, đánh giá và định kỳ hàng năm báo cáo Thủ tướng Chính phủ việc triển khai Đề án.

UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xác định sản phẩm lợi thế, lĩnh vực chủ lực, vùng có lợi thế về sản xuất hữu cơ, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng đề án, dự án phát triển nông nghiệp hữu cơ đáp ứng yêu cầu và phù hợp với tiêu chuẩn ngành nông nghiệp. Xây dựng các cơ chế, chính sách đặc thù của địa phương như: đất đai, hạ tầng, giống, công nghệ sản xuất hữu cơ... phục vụ cho phát triển nông nghiệp hữu cơ.

Cùng với đó, bố trí kinh phí từ ngân sách địa phương và huy động các nguồn vốn hợp pháp để thực hiện các dự án phát triển nông nghiệp hữu cơ trên địa bàn; thường xuyên tổ chức kiểm tra việc thực hiện đề án phát triển nông nghiệp hữu cơ của địa phương, hàng năm tổng hợp báo cáo tình hình thực hiện đề án của địa phương gửi về Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để tổng hợp báo cáo Chính phủ.