Bún cá ở An Giang thường có màu vàng nghệ rất đặc trưng, sợi bún nhỏ, hương vị đậm đà với nhiều gia vị mạnh như sả, rau râm, còn bún cá Cần Thơ nước lèo trong, không mỡ, hương vị thanh, dịu. Sự khác biệt này bắt nguồn từ bí quyết nấu nước lèo. Nước lèo được nấu với xương gà, xương heo và một số rau củ quả như củ cải trắng, lê, táo, mía lau, nấm rơm… tạo vị ngọt tự nhiên và rất trong. Để có món bún cá ngon, nguyên liệu chính là cá phải thật tươi. Thông thường, bún cá Cần Thơ thường sử dụng cá lóc và cá thác lác, bởi thịt của chúng ngọt lại có độ dai nhất định. Sau khi làm sạch, cá lóc được nấu chín vừa, gỡ hết xương, còn cá thác lác cạo lấy thịt làm chả, nêm gia vị, quết cho thịt cá mịn, đạt độ dai rồi chiên thành từng miếng vuông vừa ăn.

Điểm đặc biệt nữa là bún cá Cần Thơ thường được bày trong thố nhỏ, bún được bày bên trong (sợi bún to, dai được sản xuất thủ công ở làng bún Ô Môn), bên trên là những lát cá phi lê trắng phau, chả cá vàng rượm, hành tây, rau ngò xanh tươi, nước dùng trong vắt, bốc khói nghi ngút, mùi thơm lan tỏa. Ăn kèm với bún cá là rau đắng, rau má, giá đỗ và nước mắm nhỉ nguyên chất. Vị ngọt của nước dùng, thịt cá hòa với vị béo, thơm của chả cá chiên, thêm chút đắng, hơi nhẫn của rau đắng, mùi thơm đặc trưng của rau má đã tạo nên hương vị hài hòa khiến nhiều người phải xuýt xoa khi thưởng thức.

Cần Thơ có nhiều điểm bán bún cá nhưng để thưởng thức đúng hương vị, nhiều người sành ăn thường tìm đến quán bún cá Cô Bé (65 đường Hùng Vương, nay là đường Đinh Tiên Hoàng).