Trước đây, bún mắm là một món ăn dân dã và được chế biến giản dị, nó thường được dùng cho những bữa ăn nhanh. Con mắm được nấu rã ra, sau đó lọc lấy phần nước trong, cho thêm một ít đường, hành sả và dùng chung với bún. Về sau để tăng hương vị và độ phong phú cho bún mắm, người ta cho thêm miếng cá, tôm, mực và heo quay.

Nét đặc trưng của bún mắm là nước dùng. Nước dùng thường được làm từ mắm cá linh hay cá sặc và tùy theo mỗi người mà có sự nêm nếm khác nhau để món bún có mùi thơm đậm đà. Bún mắm thường được dùng với rau muống chẻ, cọng bông súng, rau đắng, bắp chuối, kèo nèo, giá và rau diếp cá (dấp cá).

Mặc dù nguồn gốc từ Campuchia, nhưng đến nay bún mắm đã trở thành một đặc sản của miền nam Việt nam do đã được kết hợp nhiều đặc sản đặc trưng riêng của miền nam Việt Nam.