1. Đất đai -Thổ nhưỡng
Nguồn quỹ đất lớn diện tích tự nhiên gần 1.400 km2. Thổ nhưỡng gồm 2 nhóm đất chính là nhóm đất phù sa chiếm 84% diện tích tự nhiên và nhóm đất phèn chiếm 16%. Đất đai thuộc loại đất tốt, ít độc tố, có ưu thế trong thâm canh lúa, các cây trồng cạn và phát triển kinh tế vườn .
2. Tài nguyên khoáng sản
Là vùng đồng bằng trẻ, tài nguyên khoáng sản của Cần Thơ không nhiều gồm sét, sét dẻo, than bùn, cát xây dựng. Đất sét làm gạch ngói với trữ lượng 16,8 triệu m3; đất sét dẻo, cát xây dựng với trữ lượng 70 triệu m3; than bùn với trữ lượng 30.000 - 150.000 tấn.
3. Tài nguyên nước
Cần Thơ nằm ở khu vực bồi tụ phù sa nhiều năm của sông Mêkông, có địa hình rất đặc trưng cho dạng địa hình đồng bằng. Nơi đây có hệ thống sông ngòi, kênh rạch chằng chịt. Trong đó: sông Hậu là con sông lớn nhất với tổng chiều dài chảy qua thành phố là 65km. Tổng lượng nước sông Hậu đổ ra biển khoảng 200 tỷ m3/năm (chiếm 41% tổng lượng nước của sông Mêkông), lưu lượng nước bình quân tại Cần Thơ là 14.800m3/ giây. Tổng lượng phù sa của sông Hậu là 35 triêu m3/năm (chiếm gần 1/2 tổng lượng phù sa sông Mêkông); sông Cái Lớn dài 20km, chiều rộng cửa sông 600 - 700m, độ sâu 10m - 12m nên có khả năng tiêu, thoát nước rất tốt; sông Cần Thơ dài 16km, đổ ra sông Hậu tại bến Ninh Kiều. Sông Cần Thơ có nước ngọt quanh năm, vừa có tác dụng tưới nước trong mùa cạn, vừa có tác dụng tiêu úng trong mùa lũ và có ý nghĩa lớn về giao thông. Bên cạnh đó, Cần Thơ còn có hệ thống kênh rạch nhỏ dày đặt cho nước ngọt suốt hai mùa mưa nắng, tạo điều kiện cho nhà nông làm thủy lợi và cải tạo đất.
4. Tài nguyên sinh vật
Tài nguyên thực vật vùng phù sa nước ngọt, hệ thực vật đất phèn. Động vật + Thủy sinh vật tương đối đa dạng, đặc biệt trên địa bàn có vườn chim Thới Thuận huyện Thốt Nốt.
5. Vùng sinh thái
Cần Thơ thuộc 2 vùng sinh thái của ĐBSCL. Vùng Tứ giác Long Xuyên (86% diện tích tự nhiên), là vùng chịu ảnh hưởng trực tiếp của lũ và Vùng Tây sông Hậu (14%DTTN) là vùng chịu ảnh hưởng của triều.
