Cần Thơ nằm ở khu vực bồi tụ phù sa của sông Mêkong, trong đó Sông Hậu là con sông lớn với chiều dài chảy qua thành phố là 65 Km, tổng lượng phù sa của sông Hậu là 35 triệu m3/năm. Sông Cái Lớn dài 20 Km có khả năng tiêu thoát nước tốt. Sông Cần Thơ dài 16 Km đổ ra sông Hậu, nước ngọt quanh năm, có tác dụng tưới nước trong mùa nước kém vừa tiêu úng trong mùa nước đổ; đồng thời do có hệ thống kênh rạch dày đặc nên thuận lợi cho phục vụ sản xuất nông nghiệp.

Cần Thơ thuộc vùng đồng lũ nửa mở, bao gồm 3 dạng địa mạo: đê tự nhiên sông Hậu, đồng lũ nửa mở thuộc vùng tứ giác Long Xuyên và đồng bằng châu thổ. Cao trình phổ biến từ  0,8 - 1,0 m và thấp dần từ Đông bắc sang Tây nam. Địa bàn được hình thành chủ yếu qua quá trình bồi lắng trầm tích biển và phù sa của sông Cửu Long.

Về thổ nhưỡng, có hai nhóm đất chính là nhóm đất phù sa chiếm 84% diện tích tự nhiên và 16% nhóm đất phèn. Khoáng sản thì có đất sét làm gạch ngói, sét dẻo, cát xây dựng, than bùn…Về tài nguyên sinh vật là đặc trưng cho vùng phù sa ngọt nhưng hiện nay cạn nguồn do tận dụng đánh bắt khai thác.

Hệ thống các Bệnh viện Đa khoa và chuyên sâu trên địa bàn đảm bảo cho công tác khám chữa bệnh nhân dân, 9 quận huyện đều có cơ sở khám chữa bệnh. Bệnh viện Đa khoa Cần Thơ đã khởi công xây dựng năm 2010. Các bệnh viện tư cũng đã đi vào hoạt động như bệnh viện Tây Đô, bệnh viện Hoàn Mỹ.