Đề án hướng đến mục tiêu tạo lập hạ tầng thông tin, dữ liệu và hạ tầng ứng dụng tri thức về ĐBSCL trên quan điểm tiếp cận đa ngành, đa lĩnh vực với tầm nhìn dài hạn, giải quyết đồng bộ bài toán tổng thể phục vụ quản lý, điều hành, hoạch định chính sách, hỗ trợ ra quyết định, hướng tới người dân và doanh nghiệp, phát triển kinh tế - xã hội bền vững, thích ứng với biến đổi khí hậu; góp phần phát triển Chính phủ điện tử tiến tới Chính phủ số, nền kinh tế số, xã hội số và đô thị thông minh.

Để thực hiện mục tiêu trên, Đề án đặt ra nhiệm vụ gồm: Hoàn thiện cơ chế chính sách và các quy định kỹ thuật; thiết lập, vận hành hệ thống cơ sở dữ liệu liên ngành về ĐBSCL (xây dựng, hoàn thiện cơ sở dữ liệu của các bộ, ngành Trung ương và địa phương; vận hành hệ thống cơ sở dữ liệu liên ngành về ĐBSCL; phát triển hệ sinh thái số và các ứng dụng tri thức, hệ thống thông minh về ĐBSCL); hợp tác quốc tế, đào tạo, chuyển giao công nghệ và truyền thông…